代表者１名の会社で印鑑届を行っている代表者が交代する場合、新任の代表者は印鑑を届け出ることになります（電子署名のことは勘案しません）。

具体的に言うと、大阪市Ａ区の法人Ｘの代表者甲について、代表者甲が乙へ変更した場合、乙は登記申請の際に、代表印を届け出ます。
この際、「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです。代表者が甲から乙に変わりました。大阪市Ａ区の法人Ｘの代表者乙が申請致します。」という申請の際に「大阪市Ａ区の法人Ｘの代表者乙の印鑑をこれです！」という届出を行うことになります。

さて場面は変わって・・・、
会社の本店移転をする場合、例えば、大阪市Ａ区（法務局の管轄はＡ法務局）から神戸市Ｂ区（法務局の管轄はＢ法務局）に法務局の管轄を超えた本店移転をする場合にも印鑑届出を行います。

具体的に言うと、大阪市Ａ区の法人Ｘ（代表者甲）について、神戸市Ｂ区の法人Ｘ（代表者甲）に本店移転の変更となる際に、甲はＢ法務局へ代表印を届け出ます。

管轄を超えての本店移転は、旧本店管轄の法務局に「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです。管轄外に本店を転出しました。神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者甲が申請致します。」という申請にあわせて、新本店管轄の法務局に「神戸市Ｂ区の法人Ｘです。管轄内に本店を転入しました。神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者甲が申請致します。」という申請を【旧管轄法務局を経由して】行います。

管轄外の本店移転の場合は、旧法務局への転出の登記、新法務局への転入の登記、この２つを旧法務局へ提出して申請することになります。

この管轄外本店移転の際、新法務局に宛てに「神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者甲の印鑑をこれです！」という届出を【旧管轄法務局を経由して】行うことになります。

登記というものは、例外はありますが、原則的には、既に変更した事項を登記に反映さえる、という性質のものですから、役員変更の場合は、既に変更している役員を登記に反映させる、本店移転の場合には、既に移転している本店を登記に反映させる、ということになりますので、例えば本店移転の場合「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです。既に管轄外に本店を転出しました。現在の状態である神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者甲が申請致します。」とうい形になります。

最初に「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです」と法務局に伝えなければ、法務局は、どの法人の本店を変更していいかわかりません。
ですので、申請（書）は、「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです」と最初に謳います（記載します）。
申請は既に変更しているので「神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者甲が申請致します」ということになります（申請者欄は既に変更している情報を記載する）。

長々と前提をお話ししましたが、何が言いたいかと言いますと、代表者変更と一緒に管轄外本店移転をした場合、印鑑届には、どの情報を記載すればいいのだー、ということです。

当然、
・代表者交代の印鑑届
・管轄外本店移転の印鑑届
の２つを省略せずに行う必要があります。
説明は割愛しますが、２件の申請を、「１件目：役員変更＋本店転出（旧管轄宛て）」「２件目：本店転入（新管轄宛てを旧管轄に提出）」の順番で申請することになります。

ここで「管轄外本店移転の印鑑届」は問題になりません。新本店、新代表で新法務局宛てに、旧管轄の法務局を経由して、届出を行えば問題ないでしょう。
上の例でいうと「神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者乙の印鑑をこれです！」という届出ですね。

しかし「代表者交代の印鑑届」はどうしたら・・・。
旧管轄に旧管轄宛ての「代表者交代の印鑑届」を届けることになるのです。
印鑑届出の前提の登記申請そのものは、まず「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです」と旧本店を謳うことになりますので、印鑑の届け出はどうしたら、となんだか混乱します。
パターン案を考えると以下の４つですね。
・子：「登記が移転前の大阪市Ａ区の法人Ｘです」「代表者甲の印鑑はこれです」
・丑：「登記が移転前の大阪市Ａ区の法人Ｘです」「代表者乙の印鑑はこれです」
・寅：「移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです」「代表者甲の印鑑はこれです」
・卯：「移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです」「代表者乙の印鑑はこれです」

（子（ねずみ）、丑（うし）、寅（とら）、卯（うさぎ）、もっといい表現はなかったのか・・・。）

上記のうち、既に退任した代表者を申請に関与させるわけにはいきませんので、
・子：「登記が移転前の大阪市Ａ区の法人Ｘです」「代表者甲の印鑑はこれです」
・寅：「移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです」「代表者甲の印鑑はこれです」
は除外になります。

というわけで、残る候補は、
・丑：「登記が移転前の大阪市Ａ区の法人Ｘです」「代表者乙の印鑑はこれです」
・卯：「移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです」「代表者乙の印鑑はこれです」
の２つです。

登記申請そのものが「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです」と旧本店を最初に申請書に記載することから、役員変更の丑の案「登記が移転前の大阪市Ａ区の法人Ｘです・代表者乙の印鑑はこれです」から本店移転の「神戸市Ｂ区の法人Ｘの代表者乙の印鑑をこれです」とつなげるのか、などと思ったりするのですが、ここは基本に立ち返ります。

登記というものは、原則的には、既に変更した事項を登記に反映さえる。
これを考えると答えは出てきます。
・卯：「移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです」「代表者乙の印鑑はこれです」
ですね。
やはり、登記申請そのものが「登記が大阪市Ａ区の法人Ｘです」と旧本店を最初に申請書に謳うことから、スッキリしない感（司法書士的な不安感！？）が残るものではありますが、目を閉じてスルーしなければなりません。

よって、役員変更と管轄外本店移転の申請がある場合には、
１：役員変更の印鑑届は、現在の状態を記載（移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです。代表者乙の印鑑はこれです。）して届出を行い、
２：本店移転の印鑑届にも、現在の状態を記載（移転した神戸市Ｂ区の法人Ｘです。代表者乙の印鑑はこれです。）して届出を行う、ということで良いでしょう。

というわけで、無事、登記申請がとおりました。
なんだか結構悩んでしましました。