不動産登記の手続きの中で、印鑑証明書を添付するケースはたくさんあります。
その中でも、所有権移転登記等における所有権者が義務者（自身の権利に制限や処分がある申請者のこと。売買でいう売主。）となり、添付する印鑑証明書が一番重要なものかと思います。

さて、条文をあたってみましょう。
あくまで、所有権移転等で所有権者が義務者となる申請における規定になります。

第16条
１　（省略）
２　前項の場合において、申請情報を記載した書面には、法務省令で定める場合を除き、同項の規定により記名押印した者（委任による代理人を除く。）の印鑑に関する証明書（住所地の市町村長（特別区の区長を含むものとし、地方自治法第252条の19第1項 の指定都市にあっては、市長又は区長とする。次条第1項において同じ。）又は登記官が作成するものに限る。以下同じ。）を添付しなければならない。
３　前項の印鑑に関する証明書は、作成後三月以内のものでなければならない。（省略）
４　（省略）

このケースでは、２項にて、印鑑証明書は「住所地の市町村長（・・・）・・・が作成するものに限る」と定められております。
簡単に言うと、役所で発行してもらった印鑑証明書ですね。

「住所地の市町村長（・・・）・・・が作成するものに限る」と限定がありますので、基本的にはこれ以外ダメです。

例えば、弁護士や司法書士が、成年後見人や不在者財産管理人等に就いており、売買の売主で登記申請の義務者となる場合、弁護士や司法書士が使用する職印を押印し、所属会（弁護士会や司法書士会）が発行する職印証明書を添付して申請しても、申請は通りません。
実務的には、所属会が発行する事務所と住所が記載された証明書がありますので、例えば成年後見人であることの証明書（事務所の住所が記載）、所属会発の事務所と住所の証明書、個人の印鑑証明書（個人の住所・住所地の市町村長が発行）を添付して、「後見人である証明」から不動産登記が限定して求めている「町村長が発行の印鑑証明書」まで情報を繋げて、個人の実印を押印して登記申請するのが一般的です。

さて、別のケースで印鑑証明書を添付することが多いのは、相続登記で遺産分割協議書に押印した印鑑を証明するために印鑑証明書を添付するケースです。

この場合、相続登記は、義務者が存在しない申請となりますので、先ほどの所有権移転等で所有権者が義務者となる申請における規定は、適用されません。

それでは、分割協議書の押印の印鑑証明書の添付を規定している条文をあたってみましょう。

・・・実は、条文が存在しません。
先例が根拠となります。

よって、「町村長が発行の印鑑証明書」との限定がありません。
ですので、上記の例えば、不在者財産管理人の弁護士が不在者に代わり分割協議を行った場合に、その協議書には、弁護士の職員を押印し、弁護士会の職印証明書を添付すればＯＫということになります。
（現に東京法務局のとある出張所で、当職が申請したこの登記が受理されています。）
もちろん、前記のような限定を前提にした書類でそろえても、登記は受理されます。

しかし、登記の怖いところで、いわゆるローカルールとして、限定を求めてくる法務局も存在します（らしい）。

ですので、当職自身が押印書類や添付書類をコントロールできる場合は、限定を前提に段取りします。
もし、当職自身が登記をコントロールできない場合は、一度、進行を止めてもらい、管轄法務局へ照会の上、職印で問題ないか確認を行い、事務を再度進行してもらうにしてしています。

前述した、当職が経験したケースで、東京法務局のとある出張所で、財産管理人である弁護士の職印証明書を添付して登記申請を行ったケースでは、事前に法務局に照会を行った際、「全然職印でＯＫっす」みたいに軽く回答されましたので、原則通りだと、「杞憂だったかな」と思ったりしますが、事前の照会を怠り、「町村長が発行の印鑑証明書」で押印してください、なんと申請後に言われることを想像すると、身の毛がよだちます。

備えておくことに越したことはありません。
（というか、ほんま、ローカルール、やめて欲しいです。）